景福二年（893年）正月初一，决定任命暂署剑南东川兵马留后的顾彦晖为检校尚书右仆射，兼任梓州刺史、御史大夫，充任剑南东川节度使、观察使。当时王建连年进攻顾彦晖，李茂贞想要和王建争夺东川，因此上表请求正式授予顾彦晖节旄斧钺，表示和他修好。
三月初一，决定任命捧日都头陈珮为广州刺史、岭南东道节度使；任命扈跸都头曹诚为黔州刺史、黔中节度使；任命耀德都头李鋋为润州刺史、镇海军节度使；任命宣威都头孙惟晟为江陵尹、荆南节度使，均加授特进、同平章事的职衔。命他们各自前往节镇任职，全部削除军权。当时朝臣们的看法，认为李茂贞傲慢、轻侮皇上的命令，统兵的武将难以驾驭。想要任用杜让能和亲王统率禁军，所以革去了五名禁军将领的兵权，让他们兼任平章政事，使他们心里高兴。太尉杜让能册封授职，将食邑增加到六千户。
见欺茂贞七月十七日，决定任命李茂贞为兴元尹、山南西道节度使等。任命中书侍郎、同平章事徐彦若为检校尚书左仆射、同平章事，兼凤翔尹，充任凤翔陇州节度使。当时李茂贞仗恃兵力，要求兼任山南节度使，昭宗很久都不颁发任命的诏书，李茂贞上奏的表章很不恭敬，大肆诋毁时政，唐昭宗不能容忍，准备起兵向他问罪，因此以徐彦若取代他。
八月初一，任命嗣覃王为京西招讨使、神策大将军李鐬任招讨副使。
九月初一，任命武胜军防御使钱霮为镇海军节度使、浙江西道观察处置使等，并把镇海军节镇的治所迁移到杭州。九月初十，覃王率领扈从皇帝车驾的五十四军进攻岐阳，屯驻在兴平。李茂贞率军迎战，屯驻在盭厔。九月十七日，李茂贞军进逼兴平，朝廷的军队不战而自溃。李茂贞乘胜逼近京师，进驻于三桥。九月十九日，昭宗驾临安福门，将观军容使西门君遂、内枢密使李周潼斩首，派中使向李茂贞颁赐诏书，令他收兵回归本镇。李茂贞把军队布列在临皋驿，一条条地列举宰臣杜让能的罪行，请求将他处死。唐昭宗将杜让能贬职为雷州司户。十月初一，赐杜让能自尽，他的弟弟、户侍郎杜弘徽因受杜让能株连也被赐死。
十一月，决定任命凤翔陇州节度使李茂贞代理中书令，晋封为秦王，兼兴元尹、山南西道节度使。邠州节度使王行瑜赐以“尚父”之号，赐给铁券。任命崔昭纬兼任尚书左仆射，充任诸道盐铁转运使；任命韦昭度为司空、门下侍郎、同平章事、弘文馆大学士、太清宫使、延资库使。命郑延昌停止执掌政务，署理尚书左仆射，这是他因病而自己请求罢免的。任命新被授予凤翔节度使的徐彦若重新执掌政务。户部侍郎、暂掌户部事务的王抟以本职任同平章事。
乾宁元年（894年）正月初一，唐昭宗驾临武德殿接受朝贺，宣布大赦令，改年号为乾宁。凤翔李茂贞来朝见唐昭宗，大肆陈列兵卫，献上歌舞伎三十人，唐昭宗在内殿宴请他，几天以后才回到藩镇。当时李茂贞据有山南道的梁州、洋州、兴州、凤州、岐州、陇州、秦州、泾州、原州等十五个以上州郡，甲兵勇猛强大，欺凌、压迫王室，颇有窃取皇权的意图。
十月初一，任命中书侍郎、平章政事王抟为湖南节度使。任命翰林学士承旨、礼部侍郎、知制诰李磎为户部侍郎、同平章事。宣布决定的那一天，知制诰刘崇鲁走出班列哭着说李磎是一个奸邪之人，他勾结、依附宦官，不可居于宰相的地位。因而这道制命没有执行。十月十九日，决定由御史中丞崔胤担任兵部侍郎、同平章事。
乾宁二年（895年）三月，浙东节度使董昌冒用国号，称为罗平国，年号称为大圣，任命婺州刺史蒋腢为宰相，并非法地任命其他官职。镇海军节度使钱霮请求率领本部军队进行讨伐，唐昭宗允从。
五月初八，李茂贞、王行瑜、韩建等各自率领精兵几千人入宫朝见唐昭宗，京师的人非常恐惧，人们都逃亡奔窜，官吏们无法制止。昭宗驾临安福门等待他们，三名主帅来了之后，在城楼下面行舞蹈拜见之礼。昭宗来到楼前的高台上亲自对他们说：“你们都是藩镇的大将，应当保持人臣的礼节，带着军队入朝而不事先上奏请示，你们是什么意图？”李茂贞、王行瑜汗流浃背，无法回答，只有韩建陈述了入朝觐见皇上的理由。唐昭宗把他们一起召到城楼上，各赐给他们一杯酒，然后在同文殿宴请他们。李茂贞、王行瑜极力诉说朝臣和宦官之间互相倾轧，深为时政之害，请求诛杀那些为害特别严重的朝臣和宦官。于是唐昭宗贬斥宰相韦昭度、李磎，不久就在都亭驿杀害了他们。
又杀了几名宦官，三人才离开京师。王行瑜留下他的弟弟王行约，李茂贞留下他的养子李阎圭，各率领两千名士兵为宫中宿卫。当时这三个主帅共同策划废掉昭宗而拥立吉王为帝，听说太原方面起兵才罢休，留下士卒宿卫皇宫而离去。
七月初一，李克用率领全军渡过黄河，以讨伐王行瑜、李茂贞、韩建等举兵入宫的罪行。七月初五，同州节度使王行实放弃州郡进入京师，对两军中尉骆全瓘、刘景宣说：“十万沙陀军到了，请让我迎奉皇上的车驾临幸邠州，有城垣可以据守。”当时刘景宣依附凤翔李茂贞。七月初八夜间，李阎圭和刘景宣的儿子刘继晟、同州节度使王行实一起放火，抢劫东市，请求唐昭宗出走。唐昭宗听说发生动乱，登上承天门，派遣诸侯王率领禁军抵抗他们。
捧日都头李筠率领本军的士卒侍卫城楼上的唐昭宗。李阎圭派遣凤翔的兵卒进攻李筠，弓矢射到了唐昭宗御座所在楼房的门扉上。唐昭宗害怕，下楼和亲王、公主、宫人共几百人临幸永兴坊李筠的军营中。扈跸都头李君实率领人马接踵而来，就和李筠一起，两都的士兵侍卫着唐昭宗出启夏门，憩息于华严寺，以等待随后来到的宫人。当天晚上抵达莎城镇。京师的官员、百姓跟随唐昭宗出走的有几十万人，等走到南山的谷口时，受暴热中暑而死的有三分之一。天快黑的时候又被强盗抢劫，恸哭的声音震动山谷。
暂时授命京兆尹李知柔掌管中书省事务，并担任随驾置顿使。宿了两夜，宰相徐彦若、王抟、崔胤三人来到，唐昭宗便移住到石门镇的佛寺中。于是命令署理枢密使刘光裕、薛王李知柔回京师去安排一切，集合禁军以准备宫中防卫。[73]七月十一日，李克用派遣偏将阎谔奉上表章前来慰问，奏报说军队停驻在河中，等候皇上进退的动静再派兵前往邠州。七月十二日，唐昭宗派遣内官张承业到李克用军中发布诏令，即命他监督太原行营的兵马，出发前往新平。又命内官郄廷立到泾州传达诏命，命令张鐇派遣泾原的军队和李克用的军队会合。唐昭宗在南山半个多月，李克用仍然在河中府，没有到达渭北。唐昭宗害怕凤翔李茂贞的兵卒劫持他转移到别的地方去，便命令延王把御服、鞍马、玉器等带到河中府去，对李克用宣布圣命说：“朕因为遭到刘景宣、骆全瓘、王行实、刘继鹏内外勾结的奸谋，他们在两宫放纵士卒作乱，转眼间燃起烟尘，到处抢劫杀戮。我偶然摆脱了兵刃的锋芒，便乘上车辇出走，所临幸的地方，只在京师的近郊。因为知道你统率着强大的军队驻扎在蒲坂地方，因而多次飞马传下诏书，接着又派遣使臣前往。希望你以社稷为忧，以君亲为念，必定会考虑、响应朕的征召，急速商讨恭奉君命的行动。谁知道时间快到两旬，你的表章还没有来到，使朕感到十分忧急，睡觉、进食都不安。莫非是因为忠义之心和你负疚的心情不能相切合，或者是路途上有什么阻滞？如今专门派一名亲信，以便恳切地托付勋将贤臣，故而派延王李戒丕、丹王李允和供奉官王鲁行等宣示朕的旨意。你应当立即督率雄兵，直接前往邠州、凤翔，扫平妖孽的巢穴，以拯救国家的危局，这是朕所希望于你的。”