药物的化学结构决定了某些不良反应，药物的脂溶性影响药物吸收和消除的速率以及分布，可以影响药物不良反应的性质或程度。导致药源性疾病的药物按照发病率统计，主要有抗菌药物、解热镇痛药、镇静安眠药、激素类等。

药物的添加剂、杂质，贮存和运输过程中产生的氧化、分解、聚合、降解产物等都可能成为药源性疾病的潜在危险因素。通常药物中杂质含量越高，毒副作用发生率也越高。制剂工艺和技术不同，可使相同成分的药物的纯度、杂质等质量指标产生差异，而影响其不良反应的发生率。此外，药物变质、污染、过期或生产和贮存条件不符合规定等也常是引起药源性疾病的原因。

药物的相互作用是指患者同时或在一定时间内先后使用两种或两种以上的药物所出现的复合效应，可以发生在药动学或药效学水平上。药动学方面的相互作用是对吸收、分布、代谢和排泄方面的影响，其中代谢性相互作用发生率最高，最具有临床意义;药效学方面的相互作用是对受体或生理系统的影响，包括协同作用、拮抗作用、改变原有作用及产生某些特殊作用。在药动学和药效学过程的任一环节发生的药物相互作用，都可能影响药物作用或毒性的强度和持续时间。

临床治病为了提高疗效和(或)减轻毒性，常常会联合使用两种或两种以上的药物，但由于尚未充分认识和考察合用药物之间的相互作用，客观结果可能是有益的相互作用很少，而不良的相互作用和潜在的危险普遍存在。不良的相互作用可能导致药物治疗作用减弱致病情加重、治疗作用的过度增强超出了机体所能耐受的能力而造成损害、不良反应或毒性增强等。

药物的相互作用还包括体外相互作用。主要是静脉输液中的药物之间以及药物与溶媒之间的相互作用，及固体剂型中赋形剂与药物的相互作用等。除了已知的一些配伍禁忌以外，许多未知的配伍变化偶然因出现沉淀、浑浊或变色被人们重视，但更多的情况是混合药物的液体内已发生了质的改变而外观变化并未被发现而用于机体导致药源性疾病。通常多种药物联合应用均包含了不安全因素，用药种类越多，药源性疾病的发生率越高。

药物的不合理使用，特别是用药差错也是导致儿童药源性疾病的重要因素。